热带鱼所赖以生存的水环境，除了温度、阳光、水质标准外，还需要一种和谐的生态环境，优质的水环境，是一种可以自我调节的生态系统。简单点说就是热带鱼所制造的代谢物和水体内有益菌落处理废物的能力达到基本平衡。这样的环境除了机械过滤系统还要依靠生态系统来达到水的自清和自净。
有些人认为养几只清道夫和鲶科的鱼就可以清洁水体，这是错误的概念。经常有鱼商向购买者灌输这样一种概念：买几只清道夫吧，这鱼吃别的鱼的排泄物。这是胡弄新手的伎俩，只会骗你多买几条鱼。这类鱼是具有吸食青苔和剩饵的习性，对清洁鱼缸起到一定的作用。但它们不会去吃别的鱼的排泄物，不要忘记了它们同样也要新陈代谢，同样也产生废物。也对水环境起到影响作用。
要想彻底的解决水环境的问题，就不得不说硝化细菌了，硝化细菌是将水环境中的氨氮等废物转化为对鱼儿没有伤害的硝酸盐，降低有害物功能的生物菌种。它不是单一的一种细菌，而是复合细菌，一种是把氨氮转化为亚硝酸盐的细菌，另一种是把亚硝酸盐转化为硝酸盐的细菌，因此硝化细菌是具有两种功能的组合细菌。这些细菌都属于附着性好氧细菌，因此必须提供附着物和溶氧供其生存。让水流不断的通过富含硝化细菌的滤材，就能能达到水体的自我修复功能了。
硝化细菌真是神奇啊，那培植它挺难的吧?其实非常简单首先要为它们提供附着物，附着物必须是表面积大的多孔材料，如：生化棉、生化球、陶瓷环等材料的附着性都很好。将这些材料组合排列，选择的材料越多，滤水面积越大，水的自我修复功能就好。再次就是要使水流保持一定的速度通过滤材，这样水中的溶氧量才能为这些附着的硝化菌落提供生存的氧含量。
取得硝化菌的方式通常有有两种，一种是依靠水体的自身培养，这个过程是缓慢的，水生生物生活一段时间后，水体内会自动产生少量的硝化菌，时间在15-20天左右。而现在大多数人都采用人工的方法，即从市场上购买现成的硝化细菌，这种硝化菌具有密度大，含量高，菌落快速形成的特点，初期建立生态系统只需5-7天时间。
注意以下问题：
1、普通的过滤棉对培养硝化细菌没有多少作用，不宜采用这种材料作为附着物培养。
2、硝化菌属于好氧菌，必须提供充足的溶解氧，因此必须保证水流通过附着物。
3、不要过分的清洗附着物，造成硝化菌的大量流失。
4、防止水体的大量酸化。
