（一）清除杂菌
在菌丝管理期间要清除畦面杂菌、污染物，发现“黑、红、绿”颜色杂菌，立即用碳铵或石灰覆盖外加薄膜，消毒抑制。如出菇期出现杂菌，在竹荪未展裙前可喷洒金霉素水溶液，严重时可喷洒0.1%多菌灵药液进行防治。
（二）水旱轮作
为防止杂菌大面积感染造成减产损失，竹荪栽培田不宜连作，应改种水稻，三年后方可重新种植竹荪。
虫害
（1）白蚁：能蛀食竹荪菌丝，影响竹荪产量。可用灭蚁灵或辛硫磷700倍液、25%菊乐合脂2000倍液喷杀或用明矾粉调糖水洒于白蚁喜食的芒箕上诱杀，也可用烧香的骨头诱杀。
（2）螨类：在高温高湿时容易爆发，竹荪菌丝生长阶段以及出菇阶段均有发生，能把菌丝咬断，菌丝萎缩不长，也能咬竹荪菌球，并传播病菌，发生严重时造成绝收。可用70%克螨特200倍液或2.5%天王星2000倍液或者其他专用杀螨剂进行喷杀。
（3）蛞蝓：是一种软体动物，俗称“鼻涕虫”，无外壳，身体裸露，主要吞噬竹荪菌球，造成菌球穿孔，并留下一道白色黏液。可用杀螟磷喷杀或用1：50：50的砷酸钙、麦皮、水置于蛞蝓出没的地方诱杀，或在蛞蝓出没的地方喷洒5%煤酚皂溶液、50%食盐水滴杀。
病害
1、黏菌：发生在竹荪畦面裸露土或覆盖的稻草上，初期为黏糊糊，会变形运动，呈乳白、橙黄、黄绿色，使菌丝生长受抑或逐渐消亡，严重时不再生长竹荪，竹荪菌蕾受到危害呈水渍状、霉烂。应加强通风，初期可用多菌灵、70%甲基托布津1000倍液、硫酸铜500倍液、10%漂白粉连续喷洒3~4次。
2、烟灰菌：常发生在高温高湿环境，初期在竹荪畦面覆土层出现脏白色绒毛状菌丝，很快变成粉红色、黑色，菌落呈深烟灰色，并产生大量的黑色孢子，其主要为害竹荪菌丝，导致菌丝断裂，直至死亡。早期出现脏白色绒毛状菌丝时为治疗最佳期，可直接在病症处喷洒3%石碳酸或者2%甲醛；当出现黑色孢子时，可用福尔马林20倍+70%甲基托布津可湿性粉剂700倍稀释液喷施；严重时，在发病处周围挖断培养料，在患处及周围撒新鲜石灰，并用塑料膜将病患处盖住，控制其扩散。
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