辣椒常见病害有绵腐病、链格孢黑斑病、红色炭疽病、黑霉病、褐斑病、根腐病等。
辣椒绵腐病：幼苗发病时，基部会腐烂缢缩，成株期发病时，椒果会逐渐腐烂，防治时可在发病初期喷施72%普力克水剂400倍液，每平方米喷施2-3升。
辣椒链格孢黑斑病：病部出现淡褐色、不规则形的病斑，病斑上面具有黑色霉层，防治时可在发病初期喷施80%代森锰锌可湿性粉剂600-700倍液。
一、辣椒绵腐病
1、发病症状
（1）幼苗发病时，基部会腐烂、缢缩，直至死亡。
（2）成株期主要危害果实，发病后椒果会腐烂。环境较潮湿时，发病部位会出现大量的白霉，导致椒果无法食用。
2、发病规律
（1）病菌的生长适宜地温为15-16℃，发病适宜地温为10℃，温度超过30℃时会抑制病菌的生长。
（2）气温较低时病菌依然能够活动，如果育苗期遇到低温天气，或环境中的湿度较高，则会为此病害的发生提供有利条件。
3、防治方法
发病初期，每平方米面积喷施2-3升72%普力克水剂400倍液，或每平方米面积喷施3升15%恶霉灵水剂450倍液。
二、辣椒链格孢黑斑病
1、发病症状
（1）发病后，病部会出现淡褐色、不规则形的病斑（稍凹陷），一般情况下，1个椒果上只会出现1个病斑，直径约为10-20毫米左右。
（2）病斑上会出现黑色霉层，即病菌分生孢子梗及分生孢子，部分情况下病斑愈合后可能还会形成更大的病斑。
2、发病规律
病原体一般会在植株的病残体上越冬，发生情况和日灼病有所关联，因为此病害多发生在日灼处。
3、防治方法
发病初期，喷施80%代森锰锌可湿性粉剂600-700倍液，或50%异菌脲可湿性粉剂1000倍液，或75%百菌清可湿性粉剂600倍液。代森锰锌每季只能使用1次，以防锰离子超标。
三、辣椒红色炭疽病
1、发病症状
发病后，会出现黄褐色、水浸状的凹陷病斑，病斑上密生橙红色的小点，且略呈轮纹状排列。湿润时，病斑表面会出现粉红色的黏性物质。
2、防治方法
发病初期，喷施80%炭疽福美可湿性粉剂800倍液，或25%咪鲜胺乳油1000倍液，或80%波尔多液可湿性粉剂400倍液，或50%施保功可湿性粉剂1000倍液，或25%溴菌腈可湿性粉剂500倍液，或70%丙森锌可湿性粉剂600倍液，每隔7-10天喷1次，连喷2-3次。
四、辣椒黑霉病
1、症状
（1）该病害一般会先从果顶开始发病（有时也会从果面开始发病），发病初期病部的颜色会变浅，没有光泽，果面会慢慢收缩，而且还会出现茂密的绒状霉（此为病原菌），其颜色一般为绿黑色或黑色。
（2）该病害大多会在果实接近成熟时（或成熟期）发生，若环境中的湿度较大，叶片也会受到危害。
2、防治方法
结合炭疽病的防治工作喷施50%咪鲜胺可湿性粉剂800倍液，或喷施27%铜高尚悬浮剂500倍液。病情比较严重时，可单独喷施75%百菌清可湿性粉剂600倍液。
五、辣椒褐斑病
1、症状
（1）发病后，植株的叶片上会出现圆形或近圆形的病斑，病斑的颜色一开始为褐色，之后慢慢变为灰褐色，病斑的表面稍隆起（中央有个浅灰色的中心），周缘具有黄色晕圈，发病严重时，叶片会变黄脱落。
（2）该病害还会在植株的茎部上面发生，症状和上述类似。
2、防治方法
发病初期，喷施80%代森锰锌可湿性粉剂500-600倍液，或53.8%可杀得2000干悬浮剂1000倍液，或75%百菌清可湿性粉剂500-600倍液，或1：1：200倍式波尔多液，每隔7-10天喷1次，连喷2-3次。
六、辣椒根腐病
1、症状
（1）发病初期，白天植株的枝叶会萎蔫，傍晚至次日早晨会自行恢复，如此反复多次后植株会枯死。
（2）病株的根颈部、根部皮层发生腐烂，腐烂部位呈淡褐色至深褐色，而且比较容易剥离，露出暗色的木质部。
（3）发病后病部一般仅会在根部和根茎部出现。
2、防治办法
发病前，用20%二氯异氰尿酸可溶性粉剂300-400倍液（或50%氯溴异氰尿酸可溶性粉剂1000倍液，或50%多宝可湿性粉剂1000倍液）灌根，每隔10天灌1次，连灌2-3次。
七、辣椒斑萎病毒病
1、症状
（1）发病后，植株变得比较矮小，而且开始黄化，叶片上出现褪绿线纹（或变为花叶，同时还拌有坏死斑），茎部也出现坏死条纹，并且可以蔓延至枝端。
（2）成熟的果实出现黄化现象，并伴有同心环或坏死条纹。
2、防治办法
发病初期，喷施5%菌毒清水剂400倍液，或75%菌毒·吗啉胍水剂500倍液，或20%盐酸吗啉胍可湿性粉剂500倍液，或2%宁南霉素水剂500倍液，或10%混合脂肪酸铜水剂100倍液，每隔10天喷1次，连喷2-3次。
