棉花种子可以存放在冰箱的冷藏室内（5-10℃左右），但一般情况下存放在干燥处即可。棉花种质资源保存在“冰箱”（棉花所国家棉花种质资源中期库）中，库温为0±2℃，相对湿度50±7%，保存时间长达15年左右。
一、冰箱保存棉花种子
1、一般情况下，棉花种子存放在干燥处即可。如果想用冰箱存放棉花种子，则以冷藏室保存为宜，温度控制在5-10℃左右。
2、“冰箱”（棉花所国家棉花种质资源中期库）一般用于保存棉花种质资源，而不用于保存棉花种子。棉花种质资源中期库的库温为0±2℃，相对湿度为50±7%，有效减缓了种子的新陈代谢，延长了种子寿命。即使保存时间长达15年，依旧能保持原有的遗传性和发芽能力。
3、种质资源又称遗传资源，指的是生物体上一代传递给后一代的遗传物质，存在于特定品种中，而棉花种质资源主要包括棉属的栽培种、陆地棉半野生种系、野生种及其近缘植物。
二、棉花种子保存要点
1、棉花种子在入库之前，需要把控好水分含量。如果是南方地区，入库前的种子水分含量保持在11%以下。如果是北方地区，入库前的种子水分含量保持在12%以下。如果是长期贮藏，入库前的种子水分含量保持在10%以下。
2、种子在入库之前，应当使用磷化铝进行熏蒸或者是使用55-60℃热风处理种子30分钟左右，将害虫灭杀干净。
3、9-10月份期间，每天检查一次温度。入冬之后，若种子水分含量在11%以下，则每5-10天检查一次仓库温度；若种子水分含量在12%以下，则每天检查一次。检查时，于仓库内的不同地点、不同层次进行检查，保证种温低于15℃。
4、当仓库外界温度以及湿度均低于仓库内部时，进行通风，既可以降温又可以散湿。当仓库内部温度和仓库外界温度保持一致，但仓库外界湿度低于仓库内部湿度时，通风散湿。当仓库内部湿度和外界湿度基本保持一致，但仓库外界温度低于仓库内部温度时，通风降温。
5、严禁棉花种子存放处出现火种。
