温度过高或过低均会导致棉花种子发芽率下降。
土壤水分含量不足，棉花种子无法吸收足够的水分。
土壤透气性较差，氧气含量不足，棉花种子进行无氧呼吸并产生有毒物质，导致发芽率下降。
种子贮存时间过长，活力较差。
覆土过厚，棉花种子难以出土。
一、温度过低或过高
1、棉花种子发芽适宜温度为28-30℃左右，最低临界温度为10.5-12℃左右，最高临界温度为43-45℃左右。
2、当环境温度过低或者过高时，均会导致棉花种子的发芽率有所下降。据了解，当环境温度为8℃、12℃、20℃、24-28℃时，棉花种子发芽率分别为为40-50%左右、65-75%左右、80-95%左右、85-100%左右。
二、土壤水分不足
1、棉花种子在发芽过程中从土壤中吸收水分，可使种子体积迅速增大， 种皮变软或破裂，同时增强通透性，从而有利于后续胚突变种皮。而当土壤水分含量不足时，会导致棉花种子无法顺利发芽。
2、棉花种子在发芽过程中需要从土壤中吸收种子本身重量60-80%左右的水分，最低临界吸水量为种子重量52%左右。
三、氧气含量不足
1、土壤透气性良好，氧气充足时，棉花种子生理活动旺盛，呼吸作用逐渐增强，细胞内各种酶的活动急剧增强，而当氧气不足时，棉花种子进行无氧呼吸，产生有毒物质，导致棉花种子不出苗、烂种。
2、土壤中的氧气含量保持在10-21%左右为宜。
四、种子质量问题
1、棉花种子在长期贮存过程中，活力逐渐下降，导致种子发芽出苗率不理想。
2、种子在入库贮存之前，需要进行烘干处理，烘干温度不宜超过60℃，否则会导致种子发芽出苗率下降。
五、覆土厚度问题
棉花种子子叶大，顶土力量较弱，出土难度较大，一旦覆土过厚就会导致棉花种子无法出苗。一般覆土厚度以1cm左右为宜。
