1 栽培条件准备不足
由于栽培条件准备不够充分或不够重视，存在以下失败的经验教训：①培养室、出菇室等清洁度低及忽视消毒。②用水的清洁度低。③栽培经验不足及解决方法不当。④通气方法不正确，设备运行不当。因此，要保持栽培室的清洁度，每次采收后应彻底地进行消毒；水源要进行定期检查及消毒；通过栽培过程的细心记录和分析，总结成功的经验；利用强制空气循环系统，促进室内空气的交换。
2 培养期间菌种污染
杏鲍菇接完种后，进入培养阶段，在此阶段最重要的是菌种污染问题。其原因主要有：菌种活力减退；冷却室、接种室、培养室空气过滤不良等。因此，在栽培中，应禁止使用长期保存和多次转管使用的菌种，注意菌种的更新换代、筛选，以保持菌种的优良特性，为实现成功栽培把好第一关；保持冷却室、接种室、培养室达到相应的清洁度。
3 出菇期问题
由于杏鲍菇采用工厂化生产，只采1茬菇，产量集中在第1茬菇，因此出菇期的管理尤为重要。可能出现以下问题：①菇蕾发生数量多。原因是搔菌后的菌丝恢复生长后，湿度未降至80%～85%而造成的。②培养污染及发生畸形菇。原因是催蕾时湿度过大或通风不良；加湿用水污染；生育室内污染源的增加等。催蕾时应注意改善通气；此期间保持最适湿度80%；采收后进行彻底消毒。③子实体褐变。子实体褐变严重影响菇的品质。原因可能是生育时通气不良及湿度过大；生育室内污染源的增加。过湿时进行通风，防止子实体表面过湿；采收后未进行彻底的消毒。
4 菌糠利用处理不当
工厂化生产的大量菌糠，处理不好是废物、负担，利用得好则是资源。杏鲍菇工厂化生产中，产量主要集中在第1潮菇，约占总产量的50%。常规杏鲍菇生产通常通过采收3～4潮方能获得全部产量。由于后几潮菇占总产量的比重低，且出菇需要较长的时间，从生产成本考虑，工厂化生产一般只采收1潮菇。杏鲍菇工厂化生产的生物学效率普遍较低。杏鲍菇常规生产，生物学效率可达80%～90%，而工厂化生产的生物效率仅有 40%～50%。因此，杏鲍菇生产的废弃物（菌糠）如不经过合理处理，一方面造成污染环境，另一方面造成很大浪费。菌糠是栽培后的培养料，含有丰富的蛋白质、氨基酸及微量元素[2]，在农业生产上具有较高的利用价值。菌糠被广泛用于二次代料栽培食用菌、用作农作物肥料、加工成家畜家禽饲料、生产沼气及作燃料等，做到清洁生产、零排放。例如：杏鲍菇 香菇模式就是利用工厂化栽培杏鲍菇后的菌糠二次栽培香菇模式，很好地提高了其利用率。环境保护和食用菌工厂化生产自身发展的需要都决定了菌糠的处理利用要合理、优化。
5 能源消耗大
食用菌工厂化生产，如平菇的种植技术四则需要根据所生产的食用菌品种特性，创造温、湿、光、气等生活条件。这些条件的取得依赖于工业设备的不停运转，需要消耗大量的能源。从目前情况看，食用菌工厂化生产主要是中温、低温型食用菌品种，需要在低温环境出菇。因此，要实现连续出菇，必须有制冷设备的不间歇运转，其电费消耗量相当惊人，如夏季生产杏鲍菇每月需要电费50元/m2，占运行成本的1/2[4]。就企业而言，更多的是从经济效益的角度来考虑能源问题。能源消耗决定生产成本的高低和经济效益的好坏。而就全社会而言，能源的紧缺，已成为阻碍经济发展的一大瓶颈，国家在大力提倡建立节约型社会，其中重要的就是要节约能源。从这个角度出发，食用菌工厂化生产节约能源应从以下3个方面整体考虑，即菇房设计、控制设计以及运行管理，这三者相辅相成、有机结合，才能真正实现企业的节能生产。
6 发菌期延长
杏鲍菇发菌时间因品种而异，一般是22～35 d。若发菌期延长，原因主要有：①菌种活力弱。②菌瓶装料过紧或含水量大于65%，菌袋内缺乏充足的氧气，抑制了菌丝的生长速度。③发菌环境的温度小于20 ℃，且通风不良，或者培养料的酸碱度不适宜，也会造成发菌缓慢。因此，在栽培时，首先要选择优良的品种，是栽培成功的关键；还要注意装料的松紧度，过紧则菌丝生长缓慢，过松则菌丝生长过快，松紧度为0.65 g/cm3。850 mL瓶装料600～620 g；含水量62%～65%；培养温度20～25 ℃；湿度65%～70%；pH值为6.0～6.5。
7 灭菌不彻底
杏鲍菇栽培的灭菌效果，直接决定了栽培的成败。不彻底的原因主要有：①拌料时培养料没有吸透水，料内有生心，尤以木屑、玉米芯等质地较硬的培养料多见。②在灭菌过程中冷空气没有排尽，热循环不好，出现了灭菌死角。③灭菌时间不足、灭菌过程中出现停火断气、灭菌锅（罐）内菌袋摆放过多过紧，也会发生灭菌不彻底的现象。因此，在拌料时要注意让培养料充分吸水，拌料均匀。灭菌过程中，要保证足够的灭菌时间，即121 ℃灭菌90 min，装锅时菌袋（瓶）的排放方式应避免出现死角，使热量充分循环。
8 子实体多，商品率低
工厂化生产杏鲍菇，原基分化后，长出数量不等的小菇蕾。由于营养和空间的限制，若没有进行疏菇蕾，这些菇蕾大部分不能长成商品菇，因此必须及时进行疏蕾。具体做法是：搔菌后入出菇室，瓶口向下翻入1个空筐，利于菌丝恢复生长，空气湿度90%～95%，温度12～15 ℃，适度通风。菌丝恢复生长后，湿度降至80%～85%，形成湿度差；光照500～800 lx，CO2浓度0.1%以下，7～10 d形成菇蕾。如果CO2浓度超过0.1%，则菇体畸形。菇蕾形成后再翻筐，使瓶口朝上育菇，温度15～17 ℃，湿度90%～95%。用喷雾机调湿，不可向菇体直接喷水。当菇蕾长到花生米大小时，用小刀疏去畸形和部分过密菇蕾。每瓶应留3～4朵菇蕾。
