有机西红柿根部分布于土壤表层60 cm以内，其中约70%的根更是分布在20cm以内，由于西红柿根部不耐淹水，故土壤通气性及排水皆需良好，以轻松、排水皆好的肥沃土壤最适合栽培西红柿。由于壤土和黏质土保水力较好，适合种植收获期长及高产栽培的西红柿，反之，若要求早熟则须选择轻质砂壤土。台湾西红柿栽培田大都备有完善水源且管理密集，所以受到土壤的限制较小。
有机西红柿耕作模式大都采用设施栽种，不但可减缓风雨危害，也可阻隔害虫侵入，但相对设施内高温也造成开花结果的障碍，可于正午期开张遮荫网、或装设室内循环风扇降温。露天栽种气温虽较设施者低，但它无法避免风雨危害外，加上这几年西红柿卷叶病为虐，造成露天栽种者极大损失，因此西红柿耕作模式仍以设施较佳。而有机西红柿宜采立支架栽培方式，较常用者有竹架交叉搭设及拱形铔管架设。
西红柿穴盘育苗：有机西红柿以穴盘育苗较简易且成活率高，春秋作时可用128格穴盘育苗，夏作则采用72格穴盘，较易培养出健壮苗，每格放1-2粒种子，覆土、浇水，约播种后3-10天即可出芽，等长出本叶二枚后，以液体有机肥补充养分待苗长至四片本叶后即可移植至田间约需25-30，，天。移植前一周，需减少供水，使苗健化后再移植，以提高幼苗成活率。另外，育苗场所可以60目白色尼龙网隔绝银叶粉虱侵入，夏季则需加强通风以免细菌性斑点病发生。一般大果西红柿品种行株距为75-150 cm×45 cm，每分地约种3,300株；小果西红柿品种春、秋作行株距为75-150 cm×45-60 cm，每分地约种1,500-3,300株，而过密的株距则会造成光合作用不足，竞争土壤养分及授粉着果不良等现象。
西红柿苗嫁接抗病砧木：有机西红柿的青枯病、萎凋病及根瘤线虫等土壤病害，可使用嫁接抗病的砧木来防治，尤其以茄子砧木兼具耐淹水、耐盐碱性及增加果实糖度优点，不过茄子砧木会有负砧的现象，因此，也有采用抗病性西红柿来当砧木。嫁接苗虽有很多优点，但是嫁接苗较贵，也较易发生尻腐病，育苗期也较长，且生长势较弱、果重略微减少，因此，在栽培管理上要增加灌溉及施肥频率、保持土壤湿润，使土壤水分变化不要过于激烈并且要避免接穗接触土面，发生新根。西红柿嫁接苗多采用套管切接方式，嫁接后需移入愈合室，在高湿低光度环境下，使接合部位愈合，再移到育苗室进行一般管理。
