芝麻茎点枯病又称芝麻茎枯病、芝麻黑根疯等。主要危害芝麻茎秆、根部及幼苗。芝麻苗期、盛花期阶段最易感病。病株可产生分生孢子再传播侵染。高温、高湿、多雨有利于病害发生流行，偏施氮肥、种植过密和连作地为害加重。
芝麻枯萎病又称半边黄或黄化。病菌多从苗的根尖、伤口侵入，蔓延到茎、叶、蒴果和种子，致使全株发病枯死。连作芝麻地和土壤肥力差、田间湿度大的地，都有利于病害发生流行。
芝麻青枯病俗称芝麻瘟，是由细菌引起的病害。病菌从根部伤口侵入或从自然孔口侵入，并在植株导管内从下向上蔓延。该病病菌随病株残体在土壤中越冬，借流水或农事操作传播。发病高峰多在夏季7~8月份。暴风雨过后，温度骤然升高，有利于病害发生流行。
芝麻疫病是一种毁灭性病害。主要危害芝麻茎基部、茎部、蒴果、叶片。该病病菌以菌丝或卵孢子在病株残体中越冬。翌年病菌侵染茎基部，产生孢子囊，借风、雨、流水传播，进行扩大再侵染。7月份芝麻现蕾期开始发病，8月份达到发病高峰。多雨潮湿受害重。
芝麻病害综防治
1.选用抗病品种：通过试验证明，对芝麻病害虽没有高抗品种，但品种间抗病能力存在着显著差异，因地制宜推广高产抗病新品种，是防治芝麻病害的一个经济有效的措施。如豫芝四号、豫芝十号、豫芝十一号等。
2.实行轮作倒茬：实行轮作倒茬是防病增产的重要措施，推广4～5年轮作制，可以减轻或避免病害的发生，芝麻大部分病害都是以病残体带菌在土壤越冬存活，如芝麻茎点枯病的菌核在土壤中可以存活达两年之久，因此避开连作，实行多年轮作，对减轻发病有很大作用。根据前人试验轮作年限越长发病愈轻，五年一作的发病率为8.3%，三年一作的发病率为14.7%，连作的发病率38.4%，实行轮作增产效果明显。
3.采用沟厢小教化栽培：芝麻是一种不耐涝作物，尤其在花期以后，耐渍性更差，田间积水，阻碍植物的正常呼吸，植株生长衰弱，易遭受病菌侵害造成死亡。7～8月是降水集中时期，也是芝麻生长的关键时期，正值芝麻开花、结蒴、籽粒形成的重要时期，高温、高湿的条件，有利芝麻病害的发生和蔓延，所以防涝排渍，缩短田间积水时间，是减轻病害的主要措施。
4.化学防治：
（1）种子处理：大部分芝麻病害都是种子带菌，种子处理能有效杀死种子表面病菌，对防治芝麻病害特别是苗期病害效果明显，剂拌种可采用40%多菌灵种子量0.3%，70%甲基托布津种子量0.1%，试验证明采用12.5%特普唑、2.5%适乐时、2.5%扑力猛拌种防病效果更明显。
（2）生长期药剂防治：芝麻病害暴发流行速度快，因此药剂防治一定要在病害未发生之前或发病初期进行。芝麻青枯病、芝麻枯萎病、芝麻茎点枯病可采用90%疫霜灵每亩50～100克兑水30公斤，或是25%甲霜灵每亩50克兑水30公斤，或10%宝丽安1500倍液进行喷雾。
