大部分菠萝园土壤为砖红壤，土层深厚，质地黏重，黏粒含量高达60％以上，呈酸性至强酸性，土壤盐基强烈淋失，交换量低，一般为5厘摩尔／千克，主要特点是养分有效性低、水分胁迫、土壤侵蚀，磷高度固定，高酸度导致的铝毒、锰毒和土壤生物多样性低。而锰毒会对铁、镁、锌等二价阳离子的吸收造成紊乱，菠萝容易发生缺铁、镁症状，有时也会表现出缺锌症状。通过施用土壤调理剂，可减少锰毒害；叶片喷施铁、镁、锌，避免中微量元素缺乏。
试验表明，土壤ＰＨ每上升一个单位，土壤中锰活性就降低50～100倍。对于大多数作物而言，施用石灰是控制锰毒害的有效方法，而菠萝生长喜酸性土壤，土壤ＰＨ升高，会对菠萝根系的生长产生不良影响，施用石灰量不能太高，适当增施磷肥，补充土壤中的钙含量，以增加土壤的缓冲性。
菠萝园土壤利用强度大，生长环境温度较高，养分周转快，在集约化经营方式和多年连作种植下，土壤有机质呈持续下降趋势，导致土壤质量退化，土传病害滋生严重；而化学肥料长期大量投入、比例失调、养分不平衡会造成土壤板结等理化障碍；而肥料的过量和不合理施用会在雨季造成淋洗，对农田生态环境安全造成威胁。
据调查，农田改种菠萝后，种植第1年土壤有机质0～20厘米土层平均下降了57％，第2年平均下降了60％，第4年平均下降达77.6％。菠萝园随着种植年限的延长，土壤有机质、氮、碱解氮和速效钾含量不断下降，第4年与第1年比较，这三年中每年平均分别以6.8％、14.3％、12％和19.4％的速率下降。因此建议菠萝园地应换茬种植，以减少病虫害的发生。
菠萝的病、虫、害较少，一般连续种植3年以上，病、虫、害发病率就会增加。在同一块土壤中连续栽培同种或同科的作物时，即使在正常的栽培管理状况下，也会出现生长势变弱、产量降低、品质下降、病、虫、害严重的现象。连作障碍是作物与土壤两个系统内部诸多因素综合作用结果的外在表现，菠萝继续种植5年以上，菠萝心腐病、凋萎病、黑心病等明显增多，土壤有害微生物和病、虫、害造成的减产达1／3以上，要保持原有产量，势必要使用更多的肥料和农药，形成一个肥药施用量交替上升的死循环。轮
作能提高经济效益和作物产量，改善作物残茬管理，减少土壤侵蚀，利于杂草控制和防治病、虫、害，增加土壤有机质，改善土壤结构，提高土壤水利用率，且轮作年限周期越长越为明显。因此，轮作是必要的。轮作模式与连作模式相比，有利于降低作物发病指数，降低土壤容重，改善土壤的通气性、透水性，增加土壤微生物生物量，增强土壤酶活性，提升土壤有机质，提高土壤肥力。
