可以用车运、竹箱、人工挑运等方法运输黄鳝苗。其中利用车辆运输黄鳝，最大的危害为震动，震动会对黄鳝的生理机能造成破坏，为了减轻车运黄鳝时的震动荡起水波，可以在装黄鳝的容器内放一层柔软水草，厚度15厘米为宜。人工挑运黄鳝苗是黄鳝苗运输中最安全、最可靠的一种方法，但是运输速度较慢，运输时间较长。
一、车运
利用车辆运输黄鳝，最大的危害为震动，且震动时间越长、强度越大，对黄鳝的生理机能破坏程度越大。为了减轻车运黄鳝时的震动荡起水波，可以在装黄鳝的容器内放一层柔软水草，厚度15厘米为宜，可以消除一部分震荡，阻止容器中的水波激荡，田字草、细嫩的水花生等均可。如果所用的水草较老、较硬，可以用脚使劲践踏，踏软后清洗干净再放入运输黄鳝的容器中。
二、竹箱
用竹箱做成的鳝篓，装运黄鳝时会损伤一点点黄鳝体表黏液。对于这种现象，可以在竹箱底部擦拭黄色的稀泥，也可以用1-2个鸡蛋打成糊状后，抹在竹箱底，提高竹箱底部的光滑度，保护黄鳝苗的体表黏液不受损害。
三、人工挑运
人工挑运黄鳝苗是黄鳝苗运输中最安全、最可靠的一种方法。缺点为运输速度较慢，运输时间较长。因此，运输时要注意在容器上遮荫，避免温差危害。另外，运输黄鳝种苗时最好不用水或少量用一点水，以防因为水波激荡而引起黄鳝晕迷死亡。
