如果是低温干燥环境保存，棉花种子的保存时间长达10年以上。如果是高温、高湿环境保存，棉花种子在存放数个月过后，就有可能失去活力。
一、棉花种子保存时间
1、如果是在低温干燥条件下，棉花种子的保存时间可达10年以上。如果存放种子处的空气湿度以及温度较高，则棉花种子容易变质，在存放数个月过后，就会失去活力。
2、棉花种子属于长寿命种子，因为饱满成熟棉花种子的种皮结构致密而坚硬，外表有一层蜡质，可以减小外界气温、湿度所带来的不利影响，除此之外，棉花种子的种皮内含有7.6%鞣酸物质，具备一定的抗菌作用。
二、影响棉花种子保存时间的因素
1、种子水分含量：棉花种子中所含水分越多，则种子呼吸作用越强，贮藏物质分解速度越快，种子活力也就丧失的越快。因此保存棉花种子时需要严格把控种子水分含量，如果是北方地区，种子水分含量不得超过12%；如果是南方地区，种子水分含量不得超过11%；如果是长期贮存，种子水分含量不得超过10%。
2、温度：在低温环境下，种子细胞内的代谢活动水平极其低下，营养物质以及能量消耗较少，细胞衰老进程缓慢。因此保存棉花种子时，需要将种子温度控制在15℃以下。
3、湿度：随着空气湿度的增加，种子含水量也相应增加，同时种子内的水解酶以及呼吸酶的活性更加旺盛，导致种子更加容易丧失活力。因此在保存棉花种子时，需要调控好仓库内的湿度，当外界温度、湿度均低于仓库内部时，通风降温、散湿；当外界温度和仓库内部温度保持一致，而仓库内部湿度高于外界湿度时，通风降湿。
4、种子质量：一般选择饱满成熟的霜前棉花种子入库贮存。
