过度使用化肥会造成土壤酸化、微生物活性降低、重金属及有毒元素增加等不良影响。
土壤酸化：长期使用化肥会导致土壤的酸化速度加快，加速钙、镁从耕作层淋溶。
微生物活性降低：目前我国使用的化肥以氮肥为主，而过度使用氮肥会减少土壤中微生物的数量。
重金属及有毒元素增加：开采化肥原料时会混入一些重金属或有毒物质，这些物质会随着施肥进入土壤。
一、化肥对土壤有什么影响
1、土壤酸化
长期使用化肥会加快土壤的酸化速度，加速钙、镁从耕作层淋溶，继而降低盐基饱和度与土壤肥力。
2、微生物活性降低
（1）使用不同的化肥会影响到微生物的活性，土壤中的微生物数量、活性大小的顺序通常为：有机肥配施无机肥＞单施有机肥＞单施无机肥。
（2）我国使用的化肥以氮肥为主，磷钾肥、有机肥的用量相对较少，这会降低土壤中的微生物的数量与活性。
3、重金属及有毒元素增加
（1）开采化肥原料和加工生产的过程中会混入一些重金属元素（比如镉、铬、汞，特别是镉元素）或有毒物质，在我国使用的化肥中，磷肥占比为20%，而磷肥的生产原料为磷矿石，这种矿石里面的有害元素氟和砷的含量较高。
（2）利用废酸生产的磷肥还含有三氯乙醛，使用后会对作物造成毒害。研究表明，无论是酸性土壤、微酸性土壤还是石灰性土壤，长期使用化肥都会增加土壤中的重金属元素的含量。
4、养分失调，硝酸盐累积
（1）由于我国使用的化肥以氮肥为主，磷肥、钾肥和复合肥的使用量相对较少，长期下来导致土壤中的营养失调，加剧了土壤中的磷、钾的耗竭，并且会积累硝酸根。
（2）硝酸根被人体摄入后，微生物会将其还原成亚硝酸根离子，这会降低血液的载氧能力，而且还会在人体内转变成强致癌物质亚硝胺，并诱发各种消化系统癌变，危害人体健康。
二、过量使用化肥的防治措施
1、加强和完善配方
（1）在配方施肥期间完善施肥参数，比如单位产量养分吸收量、土壤养分利用率、化肥利用率等，这些参数会随着生产条件的变化而改变。
（2）在原来的化验土壤、植物营养需求的基础上，可新增环境条件分析项目（比如水质、土壤中的有害物质含量、化肥农药污染等），以此充实、完善施肥参数，优化配方施肥。
2、增施有机肥
增加有机肥在配方施肥中的比重，有机肥不但具有养分全面、肥效长、无污染等优点，还能使土壤中的有机质含量增加，并且能提高土壤的蓄水、保肥能力。除此之外，使用有机肥还可以让土壤的理化性状和团粒结构得到改善，从而提高农作物的品质。
3、加大对微肥及生物肥料的利用程度
（1）微肥可以平衡作物所需要的营养，而生物肥料则可以通过自身所含有的微生物分泌生理活性物质，从而起到固氮、解磷、解钾、分解土壤中的其他微量养分的作用。
（2）使用微肥和生物肥料还能提高化肥、有机肥的利用率，并且能改善土壤的理化性状，使土壤能够为作物提供多种营养，从而促进作物的生长，提高其产量和品质。
（3）微肥和生物肥料还可以分解土壤中的有害化学物质，灭杀有害菌群，减少化肥、农药的残留量以及有害病菌的数量。
4、协调大量元素与微量元素之间的关系
增施微量元素肥料，或喷施微量元素生长剂、复合生物生长剂，使养分平衡供应，让作物体内的营养能够快速转化，减少有害物质的积累。
5、改变施肥方式
对作物施肥时，需改变过去的传统方式，将盲目施肥改为优化配方施肥。
