1、补苗：栽后前3年，应及时补苗。一般补苗2次，第1次在当年秋季，第2次在翌年雪化后未发新叶前。
2、除草： 栽种当年和次年，及时除草松表土，每年除草4-5次，也可用化学除草剂进行灭草，每亩用50%扑草净150-300克或25%的敌草隆200-300克，或10%的除草醚125克，效果明显。移栽3-4年的黄连，每年除草3-4次，第5年1次。第3-5年除草时应结合松土。
3、追肥与培土： 栽后2-3日用稀薄猪粪水或腐熟菜饼水灌苗，也可用细碎堆肥，或厩肥每亩1000公斤左右撒施。当年9-10月，第2-5年采种后和第2-4年9-10月各施肥1次，前后共8次。春季追肥每亩用人粪水1000公斤或腐熟菜饼50-100公斤（加水1 000公斤）；也可用尿素10公斤和磷酸钙20-30公斤，与细土或细堆肥拌匀撒施。秋季追肥以农家厩肥为主，兼用草木灰、油饼等肥料，撒施畦面，厚约1厘米，亩施量1500-2000公斤。斜坡上部和畦边易受雨水冲刷处，适当多施。黄连，第2-4年秋季追肥后还应培土，用细腐殖质土撒于畦面。第2-3年培土约1厘米厚。第4年1．5厘米。雅连，第2、3年春季各除草施肥1次，每亩用油枯100公斤，尿素2．5公斤与600公斤细腐殖土混合均匀，撒在畦面上，培土覆盖。除栽种当年不培土和收获之年春季培土1次外，其余各年春、冬季除草松土外都应培土。厚约3厘米。云连，每年夏初和晚秋各进行1次追肥。海拔高的地区，每亩施森林山积土5000公斤，同时拌草木灰250公斤，撒于畦面。海拔低及离村子近的地区，亩施农家肥1000-1500公斤。
4、摘除花苔： 除留种植株外，从第2年起，及时摘除花苔。
5、荫棚管理： 栽后当年郁蔽度为80-85%。从第2年开始郁蔽度逐年减少，第4年减至40-50%。第5年采收种子后拆去棚盖，增加光照。林间栽连栽后第1-2年郁蔽度较大。从第3年起应注意疏枝，郁蔽度为50%左右。每年冬、春应铲断树干周围深20-30厘米的树根。雅连，每年霜降时，上冬土后，将棚架（顺杆和横杆）及其上面的盖材一齐放下，依次有序地平铺畦面，把黄连植株盖住。春季雪化解冻后，及时复架。复架方法和要求同搭棚。
