由于畜禽防治工作面广、数量大，当前农村兽医人员在临床用药中存在着一些不科学的误区。
误区一：滥用抗生素消炎药
病畜无论是细菌性感染还是病毒性感染，统统用抗生素消炎药，美其名曰“防止继续感染”。其不知家畜消化道内，存在着一定数量的细菌，菌群之间互相制约。在正常情况下彼此和平共处，维持平衡共生状态，滥用抗生素后，敏感菌群会受到抑制，平衡被破坏，而耐药菌群(多为致病菌)却因失去有益菌群的抑制而乘机过度繁殖，从而对机体造成严重的危害。此外，肠道内有许多细菌具有合成B族维生素和维生素K的能力，这类细菌受到抑制，则会引起维生素缺乏症。滥用的后果导致菌群失调，抵抗力日趋下降，有的病例越治越重，甚至死亡。
误区二：多种药物齐用
用药剂量过大正确地按照药物说明书进行畜禽疫病的治疗，既可减少药物的浪费和开支，又可达到理想治疗的目的。但是，有些兽医人员总以为大剂量，多种药物齐用可以起到治疗效果好，缩短病程，以达到速治速愈的目的。由此带来的后果：一是疗效不确切，产生交叉感染;二是有疗效，也无法弄清是哪种抗生素起作用;三是浪费药物，增加开支。
误区三：药物使用方法不妥当
这是由于一些农村兽医工作者对畜禽生理机能以及药物抑菌(毒)谱了解不够所致的，例如，反刍家畜的瘤胃中有多种有利于纤维素消化的纤毛虫和细菌，在其发生疾病时，要严格禁止口服大剂量和较长时间的广谱抗生素，即使其发病需用广谱抗生素，也应用肌注或静注途径给药，或者使用磺胺类药物为佳，但使用的剂量不宜过大，时间也不宜过长，一定要严格按使用说明书中提供的方法，同时也要根据畜禽生理机能和病情用药。
误区四：用药疗程不够
用药疗程不足，是农村兽医工作者普遍存在的问题。许多人有这样一种心理，畜禽用药后症状消失，食欲恢复，认为病已治愈，就停止用药。其实不然，待药物停用后不久，病情又复发，这种现象多为用药治疗了其表，而未治其本，症状已消失，但病因仍未消除。因此，在治疗用药时，一定要达到药物治疗所需的疗程，不可随症状消失，食欲恢复等表面现象来判断疾病的愈与否。即使症状消失，食欲恢复，仍要坚持用药几次，这样才能根治其本，维持药物治疗效果，以达到完全治愈的目的。
误区五：药物在使用过程中配合不当
农村有些兽医在临床工作中，对药物的性质了解不够全面，用药时不考虑药物混合使用或同时应用所出现的毒副作用。例如，磺胺药与青霉素合用，使青霉素抑菌作用显著下降。因此，在药物配合过程中，一定要熟知药物的结构、药理及作用机制，了解药物之间是否有物理性或化学性配合禁忌，不能单纯依靠药物的使用说明或凭设想来进行药物配合使用。
