选配就是为了获得优良的后代而确定个体交配关系的过程，也是选种工作的继续，是提高水貂品质的一个重要环节。目的是为了在后代巩固和提高双亲的优良性状，获得新的有益的性状。选配得好，可以提高水貂种群的品质，选配得不好，繁殖力和后代品质会受到严重影响，也是育种工作必不可缺少的关键环节。
1.品质选配
(1)同质选配就是选择在品质和性状方面都具有相同优点的个体交配。以期在后代中巩固和提高双亲所具有的优良特征。但是表现型相似并不意味着基因型相同，因此同质选配不是近亲交配。它既能获得与近亲交配相似的效果，又可以避免近亲交配所出现的退化现象。在进行同质选配时，必须掌握的原则是，在主要性状，尤其是遗传力强的性状上，公貂的表现型值不低于母貂的表现型值。这样才能是有益的。
(2)异质选配就是选择在品质和性状方面具有不同优点个体的交配，以期在后代中用一方亲本的优点去改良另一方亲本的缺点，或者结合双方的优点创造新的类型。其结果类似杂交的效果。在进行异质选配时，必须掌握的原则是，在质量性状上，只能用一方亲本的优点去纠正另一方亲本的缺点，而不能用同一性状相反的缺点去相互纠正。在水貂生产中，通常采用群体选配，即把优点相同的母貂归为几类，为每类母貂选择几只适宜的公貂，共同组成一个选配群，在群内可以随机交配。
2.亲缘选配可分为近亲交配和远亲交配。
在水貂生产上，通常采用3代以内无血缘关系的远亲交配，3代以内有血缘关系的公、母貂一般不能选配。因为近亲交配往往造成繁殖率降低，后代生命力减弱，体质衰弱，体型变小，出现胚胎畸形，死亡率增高等退化现象。血缘关系愈近，退化愈严重。其根本原因在于遗传上有害的隐性基因的纯合。血缘关系愈近，纯合的速度愈快，程度愈高。因此，表现出的退化现象也愈严重。此外，在年龄选配上，为了获得较高的繁殖效果，应选成年的公、母貂选配
