1.控制养殖环境中的病原体 清塘消毒：清塘消毒是控制环境病原体的基础工作。特别是室外的甲鱼鱼混养池和精养成甲鱼池，由于接触外界病原体的机会多、面积大，所以清塘就显得特别重要。一般清塘可用生石灰于法清塘和漂白粉带水清塘。 环境消毒：有许多病原体是从环境通过某种媒介进入养殖水体的。如雨水、风尘、空气流动、动物迁徙等。所以环境消毒也是控制病原体的一种必要措施。环境消毒可用“溴铵”、“强力海因”、“金碘”、“强灭灵”等。采用喷雾、扬洒等方法进行。
工具消毒：养甲鱼管理中的工具因直接与养殖对象接触，故也是传递病原体的途径之一。所以，要做好定期消毒，消毒可用“强力海因”，也可用“强灭灵”消毒剂采用喷雾、浸泡的方法进行。天晴时也可拿到户外阳光下曝晒。平时应保持清洁。工具消毒一般要求隔2-3天消毒1次。
池水消毒：饲养期间池水会随甲鱼的排泄物增多而败坏，使病原微生物等大量萌发，应以生态养殖之微生物制剂(强力新卫素)，采以菌制菌方式，再加上离子交换作用之制剂(绿水宝)进行水质生态平衡，以达优势水质，维护有益藻类，行光合作用，增加溶氧抑制病害菌。当水质因气候或特殊状况恶化，再使用高效率之消毒剂“金碘”、“强灭灵”0.5-1ppM，降低水中含菌量。
甲鱼体消毒：甲鱼在放养、分养、运输和捕捞中难免会有操作和带些病原故在进行上述工作时，必须做好甲鱼体的消毒工作。甲鱼体消毒可用消毒类药物。消毒时一定要掌握好具体浓度与消毒时间。
2.调节好生态环境
保持良好的空间环境：由于养殖甲鱼的大多数时间在水上活动，觅食晒背，所以空间环境的污染、敌害和惊扰都会影响甲鱼的生活，引发疾病。空间环境除了要除尽敌害外，主要是保持安静、避免干扰。一般除管理时进入养殖环境外，平时不要随便走动。巡塘时不要用电筒光照池中和晒台，因甲鱼在夏季不但白天要晒背，晚上还在晒台上乘凉。特别是春秋季节甲鱼在交配产卵时，绝不可有任何惊动。空间环境中最好杜绝刺耳的噪音和污染严重的气体。所以除了在建甲鱼声时应考虑这些因素外，场建好后要尽量不要在甲鱼场附近建有污染的工厂。在工厂化温室里，尽量采用采光式。封闭性温室因操作时的采光完全靠灯光，安装灯时不要用亮度太大的灯泡。操作时动作要轻，不要因操作一个池时影响整个温室的环境安静。特别是饲养上万只甲鱼的大温室，任何一种强刺激的应激都会给甲鱼带来不良反应。
