（一）改善和维持优良的养殖环境
对于集约化养殖模式而言，防重于治，未患病早预防显得更为重要。养殖水环境对于鳄龟的健康和生长繁殖非常重要，改善和保持优良的水环境是预防鳄龟疾病发生的根本条件。除了在设计和建造养殖场时选择水源和周边环境应符合防病要求，杜绝传染源外，在养殖水域内合理混养某些水生生物可利于鳄龟的生长和健康。如混养螺狮、少量的滤食性鱼类不仅可清除残饲和过多的浮游生物以改善水环境，而且还可作为鳄龟的活体饵料。
其次，翻塘或清塘消毒时应清除池底过多淤泥，进行池底翻晒，选择未经风化的生石灰水解沸腾后趁热全池泼洒或选用漂白粉混拌砂子全塘泼洒以利于彻底消毒杀灭病原微生物。水经沉淀、曝气或过滤后排入，用消毒剂消毒、中草药或有机肥育肥3-5 天后放养鳄龟小苗，若是种龟和成龟则无需育肥。放养后根据水体酸碱度定期遍洒生石灰或漂白粉等消毒剂以改善水体的适养性和维持水体良好的微生态平衡。此外，还可选用底质改良剂和水质改良剂或某些络合物以改善养殖水质和底质。明矾等药物对于水质改良也有很大的作用，不仅可增加水中溶解氧，还能调节水体pH 和消毒。对于使用多年的老温室而言，则需进行空气消毒和池子消毒，采用甲醛熏蒸或与高锰酸钾反应气熏，养殖池和水体则选用生石灰或漂白粉等氯制剂彻底消毒。新造温室则需全池遍洒食用醋浸泡去碱后再排水放养，以免池壁和池底碱性过大损伤小鳄龟表皮，引发疾病发生。
有益微生物制剂的使用也可促进养殖水体的改善。益生菌不仅可避免抗生素的副作用、达到防病治病效果，而且能促进动物生长。近年来，益生菌作为抗生素类药物的替代物，在养殖业得到愈来愈多的关注。现代微生态学研究表明，微生物在水产养殖中占有重要地位，直接影响产量、物质循环、动物营养、水质、疾病控制和排放水质量。随着微生物学和微生态学的深人研究，利用益生菌来调节动物体内的微生态平衡、改善养殖生态环境、恢复机体正常生理功能、抑制病原微生物、减少疾病增进健康，正逐渐成为世界范围内的热潮。由于益生菌制品没有残留，也不会产生抗药性，必将被广泛应用于水产养殖业中。其中光和细菌具有独特的光合作用，能直接消耗利用水中的有机物、氨氮、硫化氢，还可以通过反硝化作用除去水中的亚硝酸钱等污染物，能将养殖水体中的残饵、粪便等分解并加以吸收利用，避免沉淀池底发酵而产生有害物质，具有很强的水质净化能力，可大幅度减少换水频次和换水量，节约能源。而化能异氧菌在养殖水体中则能发挥其氧化、氨化、反硝化、解磷、硫化、固氮等作用，将养殖动物的排泄物、残存饲料、动植物残骸等有机物分解为二氧化碳、硝酸盐、磷酸盐等，为单细胞藻类生长繁殖提供营养。同时，藻类光合作用又为有机物的氧化分解、微生物及水产养殖动物的呼吸提供溶解氧，从而使养殖水体处于一个良性的生态循环系统。水产养殖中常用的化能异氧菌有假单胞菌、粪链球菌、芽孢杆菌和中间气单胞菌等，其中芽孢杆菌具有多种酶活力，能明显改善水质，使底层溶解氧增加，化学氧需求降低，改善池塘沉积物中微生物组成，减少养殖水体中总氨氮和亚硝酸盐含量。硝化细菌也对净化和调理水质具有良好的作用。
（二）提高鳄龟机体免疫力
增强抗病力是鳄龟防病工作的关键。当鳄龟机体健壮时，即便被一些病原微生物侵入，也会因为鳄龟本身的非特异性免疫力被杀灭，不会引发疾病。
科学管理和加强饲养水平，投喂营养全面、优质的饲料对于提高鳄龟机体免疫力极为重要。某些营养成分缺乏或过多会影响鳄龟的生长、发生机能障碍、导致抗病力下降，严重时可诱发疾病。故在饲料中添加一些免疫增强剂或微生物制剂不仅可为鳄龟提供多种营养物质促进新陈代谢，还可产生酶类促进消化吸收，更能作用于动物的免疫系统，增强机体对病毒、细菌、真菌和寄生虫的抵抗力，通过激活巨噬细胞、增强KIller 细胞活性和增加免疫球蛋白的水平等途径来增强动物机体非特异性免疫和特异性免疫应答。
尽量减少人工操作对鳄龟的应激反应，避免机械损伤。选择种质优良、健壮的非近亲繁育的亲本后代也较为重要，尤其是杂交培育抗病力强的鳄龟品种对于其持续养殖更为关键。
此外，组织浆灭活疫苗、全菌灭活疫苗、细胞培养灭活疫苗等人工免疫疫苗在经济水产动物疾病预防上的应用也值得重视。渔用疫苗发展的需求有很大空间，虽然疫苗研制的周期较长，每种疫苗都有其特异的预防对象，不可能广谱，但疫苗一般不产生环保问题，也不会造成食品安全的隐患，是疾病预防发展的方向。
（三）控制和消灭病原
病原的控制与消灭主要采用药物方法。在合理养殖的前提下，环境消毒剂的适当使用可控制病原，减少疾病尤其是传染病的发生，有较好的预防作用。消毒剂的种类较多，目前使用较广泛的是双季钱盐和有机碘类等，对大多数病毒及细菌均有较理想的杀灭作用。
而对于进入鳄龟体内或其水域内的大多数病原在疾病治疗时多采用渔药。选择不同的药物、不同的给药途径和方法都会影响药物作用的性质，因此，如何选对药、用对药，进行科学用药和合理用药在鳄龟疾病治疗中甚为关键。
