虽然鳄龟生命力很强且无大病，但有时偶见小病，且有传染性，所以要注意经常观察，饲养中如发现疾病要及时防治，一旦有异，要对症下药。下面介绍几种常见疾病的防治方法。
一、外伤炎症
由于鳄龟体态壮硕，皮肤较嫩，如水池粗糙时易擦伤皮肤，有时运输中也会因互相抓伤而引起细菌感染发炎。可用双氧水对伤口消毒，涂上红药水或紫药水，也可搽消炎药膏，然后离水干养几天即愈。如没有及时发现而炎症内侵，可选用四环素、螺旋霉素、先锋霉素拌饲料喂治。用量为每500克龟服用人一次用量的二分之一，连用3天。
二、肠胃炎
如夏季饲喂不洁或喂食腐败变质饲料易引起肠胃炎。龟呕吐、拉稀便、水泻均是此症。有此病的龟食欲不振，食量明显下降，如不及时治疗，可引起个别龟脱水死亡。可喂氟哌酸，每500克龟1天用半粒，也可注射氯霉素或庆大霉素，每天一次，每500克龟用0。2克，并对池水消毒和做好病龟隔离饲养工作。
三、消化不良症
长期大量投喂过量饲料或耐消化食物，招致龟贪吃后引进消化受阻，甚至造成部分龟拒食。所以饲料不要单一，要多样化。如发生消化不良，首先要改投鲜、软、香味饲料引导食欲，并对病龟灌服多酶片溶液，每500克龟一次1粒，也可用其他有助消化的药物如酵母片等。不要过量喂以蚕蛹、肥肉等高脂肪食物，否则时间一长导致脂肪代谢不良症后会增加治疗难度。
四、感冒症
初春或初冬天气多变，如饲养管理不当，少数龟会有感冒发生，特别是温室内通风不良而又突然降温时容易发病。症状是龟呼吸有声、鼻孔阻塞、介有流粘液或结痂现象，有的流眼泪，甚至口中发声。如发生感冒，可在饲料中加入先锋霉素和病毒灵喂之，每500克龟每天用量半粒。如有喉炎，可用西瓜霜粉剂喷入龟口内，每天2次，一般连用3天~4天可愈。严重时，可注射抗菌素。
五、水霉病
水霉病是由一种水中真菌引发的疾病。冬季不见阳光或水质不良时，易引起真菌寄生至龟体上，有时秋季、春季也发生。此病发生时，可见龟脖子四周及四肢甚至甲壳上有白色丝状粘物，此病也叫水绵病。水霉病对大龟影响不是很大，但对小龟有可能造成死亡。治疗方法是：用万分之一孔雀石绿溶液浸洗病龟15分钟，也可用食盐水浸洗病龟。
