杀菌机理不同：使用百菌清后可以在植物叶片形成一层保护膜，叶片上的病菌接触药剂后就可以和细胞里面的酶结合，破坏酶活力，使真菌细胞的代谢破坏死亡。使用多菌灵后药剂可以被作物的根、茎、叶吸收，然后在植株体内进行传导，并通过韧皮部传输到植株的各个部位，使细胞分裂中断死亡。
百菌清：百菌清的施药方法很单一，有喷雾和制成烟剂熏烟。多菌灵不仅利于作为喷雾使用，还可以用于拌种，土壤处理。
一、杀菌机理不同
1、百菌清
（1）百菌清是一种广谱性杀菌剂，没有内吸性，以触杀作用为主，是一种保护性杀菌剂，对多种病害起预防和保护作用，没有治疗作用。
（2）喷施后能在植物叶片上形成一层保护膜，叶片上的病菌接触药剂后能与细胞中的各种酶结合，破坏酶的活力，使真菌细胞的代谢受到破坏而丧失生命力，达到杀灭病菌的目的。
2、多菌灵
（1）多菌灵是一种广谱性杀菌剂，具有很好的内吸传导作用，是一种具有保护和治疗作用的杀菌剂，对多种真菌病害有很好的保护和治疗作用。
（2）喷施后药剂能被作物的根、茎、叶吸收，并在植株体内传导，并通过韧皮部传输到植株的各个部位，通过干扰病原菌有丝分裂中纺锤体的形成，使细胞分裂中断，起到杀菌作用。
二、施药方式不同
1、百菌清
百菌清由于不具有内吸性，施药方法比较单一，主要用于喷雾和制成烟剂进行熏烟。
2、多菌灵
（1）多菌灵由于具有很好的内吸性，能被植株的根、茎、叶等部位吸收，因此，施药方法多样。
（2）多菌灵不但能用于喷雾，也可用于拌种，土壤处理等多种施药方式。
三、抗药性不同
1、百菌清
百菌清主要是在叶片上形成保护膜，在作物表面与病菌细胞中的酶结合，达到杀菌的作用，不易诱发病菌产生耐药性。
2、多菌灵
多菌灵由于持效期较长，在植株体内能长时间存在，就很容易使病菌产生耐药性，从而产生抗药性。
四、持效期不同
1、百菌清
百菌清喷施后主要在作物叶片上形成一种保护膜，达到防治病害的目的，在雨水冲刷、阳光照射等作用下，保护膜很容易破裂，保护作用也就没有了，持效期一般只有7天左右。
2、多菌灵
（1）多菌灵内吸性好，能被植株吸收并在体内传导，并长时间在植株体内存在，因此，能持续杀菌，持效期一般在15天以上。
（2）如果用于拌种和土壤处理被根系不断的吸收持效期更长，一般可达50天以上。
