窖藏期间的适宜温度是0℃—2℃，适宜的湿度为85%—95%，如果窖温过高，轻则种根发芽过长，消耗养分，重则腐烂变质，造成严重损失；窖温过低，种根易受冻，腐烂变质。
一、临时贮藏
临时贮藏，是指种根收获后到入冬窖藏前，这一段时间在田间或窖外的假贮。种根收获后，新陈代谢旺盛，气温较高，窖温也较高，如果种根收获后立即入窖，会使窖温更高，导致种根发芽，甚至腐烂变质。在田间或窖外假贮一段时间（一个月左右），可以逐步降低种根的呼吸强度，使受冻或萎蔫种根显现出来。这样，入冬窖藏时，种根已处于休眠状态，受冻和萎蔫种根也可被淘汰掉，从而可以保证窖藏质量。
临时贮藏的方法：先挖一条深30—50厘米、宽100厘米左右的沟，沟的长度视种根数量多少而定，将种根堆贮沟内，堆高100厘米左右，呈半圆形，然后在种根上覆土15—20厘米。
二、越冬贮藏
简易式种根窖俗称闷窖，是一种地下式土窖，适于生产用种种根的贮藏。如今一般都采用这种方式贮藏。
（1）闷窖的规格：在我省一般采用深2米、宽1米、长5米的闷窖，每公顷种根贮藏窖需要30延长米左右。为了节省窖藏用地，窖的长度可以随需要延长，但每隔5米需留30—50厘米厚的土格隔开，此种窖称为串联式闷窖。也可以采用并列式，窖与窖之间应相隔3—5米宽。在地下水位较高的地区，可以选择地势倾斜的地段挖窖，窖的规格同前，但需要在窖底中间顺坡向挖宽30厘米、深30厘米的顺水沟，并在地势低的一端挖一个掏水坑，以便将水掏出。
（2）种根入窖：闷窖应在种根入窖的10天前挖好，以便有充足时间晾晒干燥。入窖前先将窖内打扫干净，窖底撒施少量硝石灰粉消毒。宜选择晴朗天气入窖。入窖时先打开临时贮藏堆，淘汰受冻和萎蔫种根，窖内甜菜种根堆高1.3—1.5米，上面摆平，覆以砾状干土5—10厘米。然后在窖顶铺上高粱秆或玉米秆，两端各留出一大一小的空隙作出入口和通气孔，最后覆土封窖。覆土前将通气口做成凹状的洞，用草捆堵好，可以随时打开。覆土时先将高粱秆的两端踩压实，再向中间覆土。覆土可分两次进行，第一次覆土30厘米左右，第二次覆土高至0.8—1.0米。
（3）闷窖管理：
①窖温观测。一般每10—20个窖设一个观测窖，每日测定窖内空间温度和种根堆内温度。闷窖窖温变化规律是：入窖后窖内空间温度，一般随外界温度变化而变化，种根堆内温度一般逐渐上升，10天左右后又逐渐下降。
②窖温管理。入窖初期，严防堆温上升过高（4℃以上），避免发芽和腐料。其方法是利用通风口调节窖温，20天左右若窖温降至1—2℃，说明窖内正常，可以堵死通风口。若堆温仍在4℃以上，说明窖内种根可能有腐烂现象发生，应该开窖检查。通风口堵死后的空间温度允许变化幅度为0—3℃。
一般闷窖因冻窖而造成损失的情况是很少的，而因窖温过高造成烂窖的情况则较常见。因此，对闷窖多采用低温控制措施降低窖藏损失。
③顺水窖的管理。顺水窖除温度管理外，还需每日掏水，直至不再渗水为止。
