向日葵种子安全贮藏要求的气候条件主要是控制水分，其次是控制温度。干燥的种子在低温条件下能贮藏较长的时间，不致霉烂变质或丧失发芽力。
食用葵花种子安全贮藏的含水量要求达到12%以下;油用葵花种子要求达到8%左右;感官上要达到用手指按压较易裂开的程度。超过这个水分指标，种子中的酶没有停止活动，呼吸作用没有降低到微弱的程度，时间长了易引起自热而使油分分解变质，而丧失发芽力。实践中常发生将未晒干的种子装入麻袋中，几天后即达到烫手的温度。可见湿种子极易自热。特别是油用葵花的种皮薄，收获脱粒过程中易破壳或脱皮，更易引起自热。因此入库种子含水量千万不可超过指标。
种子中含有破碎的茎叶、花盘、萼片、皮壳碎屑，其水分可比种子多2~4倍，很易引起种子含水量增高。必须清除干净，清洁度要达到98%以上。
入库贮藏期间要保持低温干燥和通风透气，以延长种子寿命。室温较高、空气湿度较大，易使种子衰老、变质而丧失发芽力。堆放得不可太高太厚，库存麻袋堆积放层次冬季不应超过6层，其它季节不超过4层。散堆堆放厚度冬季不超过2.5米。其它季节不超过1.5米。库房要高燥通风，保持室温较低;阴雨天要密闭，防止大气湿度引起种子返潮。
安全贮藏年限的长短，取决于气象条件的好坏。
