鲜薯体积大，含水量高，组织幼嫩，皮薄易破损、易受冷害和感染病害而发生腐烂。红薯性喜温怕寒冷潮湿，贮藏期间红薯病害主要有黑斑病、软腐病、线虫病和湿害、干害等。
发病的主要原因：薯块和薯拐带菌，旧窖传染及薯块受冻、水渍、破伤等。贮藏期间温度、湿度和空气等环境因素控制得好坏直接关系到薯块的保存质量，处理不好造成上述红薯病害的发生，给贮藏者带来较大的经济损失。
病害预防
（一）是贮藏前要用硫磺、福尔马林或多菌灵对贮藏间的四周、地面进行消毒灭菌，挑选无病、无伤、无虫眼的薯块贮藏。
（二）是薯块的体积不要超过贮藏空间的三分之二。
（三）是控制好贮藏间的温度、湿度和通风透气等环境因素。
贮藏期可以人为分成三个时期，前20天为前期也称“发汗期”，由于外界气温高，薯块自身生理活动等特点，呼吸较旺盛并散发出大量水分。此期管理应以注意通风散湿为主；贮藏中期为20天以后至次年的2月份，也是管理的关键时期。最适温度应保持在10―14摄氏度，相对湿度85％―90％。当温度达到15摄氏度以上薯块就容易发芽，降低了商品性，但贮藏间内温度要长期低于9摄氏度容易发生冻害，薯块内部变褐发黑，发生硬心，蒸煮不烂，且有异味，并有可能受到低温性病菌的侵入。湿度过大达到饱和时（薯块上有水滴出现）易发生黑斑病和软腐病；湿度低于80％薯块开始缺水，薯皮颜色发暗，出现干缩糠心。
如果贮藏间长时间通风不好，二氧化碳浓度增加，薯块会发生腐烂。次年3月份以后为贮藏后期，外界气温逐渐升高，此期重点是注意通风降温，使温度不超过15摄氏度。在贮藏间的不同部位应分别放置温度、湿度表，定期观察，根据不同情况采取及时有效的管理措施，达到安全贮藏的目的。
