对于辣椒疮痂病、软腐病、细菌性叶斑病、青枯病等细菌性病害，可选择50%DT500倍液、农用链霉素4000倍液、新植霉素4000倍液、50%丰护安500倍液、34%绿乳铜500倍液、27%铜高尚400倍液、77%可杀得500倍液等药物进行防治，而对于辣椒真菌性病害，由于其种类较多，一般需要根据具体病害选择合适药剂进行防治。
一、辣椒细菌性病害
1、常见辣椒细菌性病害主要包括有辣椒疮痂病、辣椒软腐病、辣椒细菌性叶斑病、辣椒青枯病。
2、针对辣椒疮痂病、辣椒软腐病、辣椒细菌性叶斑病，可以选择50%DT500倍液、农用链霉素4000倍液、新植霉素4000倍液、50%丰护安500倍液、34%绿乳铜500倍液、27%铜高尚400倍液、77%可杀得500倍液等进行防治，每隔5-7天喷洒一次，连续喷洒2-3次。针对辣椒青枯病，可选择上述药物进行灌根，每株药液用量为500g左右，每隔10-15天左右灌根一次，连续灌根2次。
二、辣椒真菌性病害
1、辣椒绵腐病：发病前或发病初期时，叶面喷洒62.8％霉多克（丙森锌＋缬霉素）可湿性粉剂1500倍液或58％抑快净1500倍液，每隔7天喷洒一次，连续喷洒2-3次。
2、辣椒黑斑病：发病初期时，叶面喷洒50％异菌脲可湿性粉剂1500倍液或10％多氧霉素可湿性粉剂1500倍液、1.5％多抗霉素可湿性粉剂500倍液、70％甲基硫菌灵可湿性粉剂1000倍液进行防治，每隔7-10天喷洒一次，连续喷洒2-3次。
3、辣椒炭疽病：发病始期、始盛期和盛发期时，分别用药一次，可供选择的药物有10％苯醚甲环唑可湿性粉剂3000倍液、43％戊唑醇乳油3000倍液、40％氟硅唑乳油8000倍液、5％己唑醇可湿性粉剂1000倍液、70％甲基硫菌灵可湿性粉剂1000倍液等。
4、辣椒褐斑病：发病初期时，叶面喷洒75%百菌清可湿性粉剂500倍液或80%代森锰锌可湿性粉剂500倍液、64%杀毒矾可湿性粉剂600倍液、50%多硫悬浮剂600倍液、68.75%杜邦易保水分散性粒剂800倍液、40%三唑酮·多菌灵可湿性粉剂800-1000倍液、50%腐霉利可湿性粉剂800倍液、40%杜邦福星乳油5000倍液，每隔7-12天喷洒一次次，连续用药2-3次。
5、辣椒白星病：发病初期时，叶面喷洒70％代森锰锌可湿性粉剂500倍液或70％丙森锌（安泰生）可湿性粉剂800倍液、70％代森联可湿性粉剂800倍液、10％苯醚甲环唑可湿性粉剂3000倍液、43％戊唑醇乳油3000倍液、40％氟硅唑乳油8000倍液、5％己唑醇可湿性粉剂1000倍液，每隔7-10天用药一次，连续用药2-3次。
6、辣椒早疫病：发病初期时，叶面喷洒50％异菌脲可湿性粉剂1000倍液或10％多氧霉素（宝丽安）可湿性粉剂1500倍液、1.5％多抗霉素可湿性粉剂500倍液、58％甲霜灵锰锌可湿性粉剂500倍液，每隔7-10天用药一次，连续用药2-3次。
7、辣椒霜霉病：发病初期时，叶面喷洒62.8％霉多克（丙森锌＋缬霉素）可湿性粉剂1500倍液或58％抑快净1500倍液、68.75％银法利（氟吡菌胺+霜霉威）可湿性粉剂1500倍液、25％双炔酰菌胺悬浮剂2500倍液，每隔7-10天用药一次，连续用药3-4次。
8、辣椒白粉病：发病初期时，叶面喷洒10％苯醚甲环唑可湿性粉剂3000倍液或43％戊唑醇乳油3000倍液、40％氟硅唑乳油8000倍液，每隔7-10天喷洒一次，连续喷洒2-3次，重点喷洒叶片背面。
9、辣椒菌核病：发病初期时，叶面喷洒50％腐霉利（速克灵）可湿性粉剂800倍液或50％异菌脲（扑海因）可湿性粉剂1200-1500倍液、40％菌核净可湿性粉剂1200-1500倍液，30％嘧霉胺可湿性粉剂1200倍液、2.5％咯菌酯（适乐时）可湿性粉剂1500倍液，每隔7-10天用药一次，连续用药2-3次。
10、辣椒灰霉病：发病初期时，叶面喷洒40%嘧霉胺悬浮剂1200倍液或70%代森联水分散粒剂600-800倍液、77%氢氧化铜可湿性粉剂800-1000倍液、33.5%喹啉铜悬浮剂800-1000倍液、68.75%恶唑菌酮·锰锌水分散粒剂1000-1500倍液、64%氢铜·福美锌可湿性粉剂600-800倍液、50%嘧菌环胺水分散粒剂800-1000倍液、25%嘧菌酯悬浮剂1500倍液、40%嘧霉·百菌清可湿性粉剂800-1200倍液、50%腐霉·百菌清可湿性粉剂600-800倍液、50%多霉清可湿性粉剂800倍液、50%多福疫可湿性粉剂1000倍液等，每隔7-10天喷洒一次，连续用药2-3次。
11、辣椒白绢病：发病初期时，使用25%三唑酮可湿性粉剂2000倍液或20%甲基立枯磷 （利克菌）乳油1000倍液、50%代森铵可湿性粉剂800倍液、70%代森锰锌可湿性粉剂600倍液进行灌根，每穴药液用量为250ml，每隔10-15天灌根一次，连续用药2-3次。或者是使用20%粉锈宁乳油600倍液或45%代森锌500倍液进行灌根，每株用药量为50-100ml，间隔5-7天后再灌根一次。
12、辣椒根腐病：发现中心病猪后及时拔除，并及时使用50%瑞毒铜1000倍液或绿乳铜800-1000倍液、50%甲霜铜500倍液、64%瑞毒铝铜250倍液进行防治，每隔7-10天喷洒一次，连续用药2-3次。或者是每亩地使用250-300g的45%百菌清烟雾剂或1kg的5%百菌清粉尘剂进行处理，每隔7天用药一次，连续用药2-3次。
13、辣椒疫病：发病初期时，叶面喷洒62.8％霉多克可湿性粉剂1500倍液或58％抑快净1500倍液、68.75％银法利（氟吡菌胺+霜霉威）可湿性粉剂1500倍液、25％双炔酰菌胺悬浮剂2500倍液、77.2％霜霉威水剂1500倍液，每隔7-10天喷洒一次，连续用药3-4次。
14、辣椒猝倒病：播种前，使用25％甲霜灵可湿性粉剂+70％代森锰锌可湿性粉1500-2000倍液浸种15-30分钟。发病初期时，叶面喷洒62.8％霉多克（丙森锌＋缬霉素）可湿性粉剂1500倍液或58％抑快净1500倍液，每隔7-10天喷洒一次，连续用药2-3次。
15、辣椒立枯病：当少数病苗出现时，及时拔除，并立即喷洒70％甲基硫菌灵可湿性粉剂1000倍液或10％苯醚甲环唑可湿性粉剂3000倍液、90％恶霉灵（土菌消）水剂3000倍液进行防治，每隔7天喷洒一次，连续用药3-4次。
