1、别称不同：黄芩又称山茶根、土金茶根等。黄芪别称棉芪、黄耆、独椹等。2、形态区别：黄芩总状花序在茎及枝上顶生，花冠紫、紫红至蓝色。黄芪总花序稍密，有10-20朵花，总花梗和叶近等长或较长。3、功效区别：黄芩具有清热燥湿、泻火解毒、止血安胎的功效。黄芪具有益卫固表、补气升阳、托毒生肌的功效。
一、别称不同
1、黄芩
（1）黄芩又称山茶根、土金茶根等。
（2）产于黑龙江、辽宁、内蒙古、河北、河南、甘肃、陕西、山西、山东、四川等地。
2、黄芪
（1）黄芪别称棉芪、黄耆、独椹、蜀脂、百本、百药棉、黄参、血参、人衔等。
（2）产中国东北、华北及西北。
二、形态区别
1、黄芩
（1）黄芩为唇形科黄芩多年生草本植物，肉质根茎肥厚，叶坚纸质，披针形至线状披针形。
（2）总状花序在茎及枝上顶生，花冠紫、紫红至蓝色，花丝扁平，花柱细长，花盘环状，子房褐色，小坚果卵球形，花果期7-9月。
2、黄芪
（1）黄芪为豆科黄芪多年生草本植物，羽状复叶，有13-27片小叶，长5-10厘米，叶柄长0.5-1厘米。
（2）总花序稍密，有10-20朵花，总花梗和叶近等长或较长，至果期显著伸长，荚果薄膜质，稍膨胀，半椭圆形，长20-30毫米，宽8-12毫米，顶端具刺尖，种子3-8颗，花期6-8月，果期7-9月。
三、功效区别
1、黄芩
（1）黄芩苷味苦、性寒、归心、肺、胆、大肠经，具有清热燥湿、泻火解毒、止血安胎的功效。
（2）主治温热病、上呼吸道感染、肺热咳嗽、湿热黄胆、肺炎、痢疾、咳血、目赤、胎动不安、高血压、痈肿疖疮等症。
2、黄芪
（1）黄芪味甘，性温，归肺经，具有益卫固表、补气升阳、托毒生肌、利水消肿的功效。
（2）主治气虚乏力、食少便溏、中气下陷、久泻脱肛、自汁盗汗、血虚萎黄、阴疽漫肿、气虚水肿、内热消渴等症。
