金针菇的品种有如三明1号菌株，007、008幼菇菌、白色品系F21。三明1号菌株的菌丝生长快，7天可满管，25～30天菌丝可长满瓶或袋。007、008幼菇菌盖淡黄至黄褐色，菌柄上部色淡，为白色至浅黄色，下部色深，为金黄至暗褐色，密被褐色短绒毛。白色品系F21金针菇菌丝生长较慢，抗逆性差，抗杂能力弱。
一、三明1号菌株
三明1号菌株的栽培很普遍，菌丝生长快，7天可满管，25～30天菌丝可长满瓶或袋。出菇快，30多天即可出菇，栽培周期短，70～80天便可完成整个栽培周期，产量高，生物效率可达70%～100%，质量好，菌柄粗细均匀，色泽淡，人体所需的8种氨基酸含量占氨基酸总量的44.5%，高于一般菇类，适温宽，3～21℃下均可出菇。抗逆性强，病菇与畸形菇少。
二、007、008幼菇菌
盖淡黄至黄褐色，菌柄上部色淡，为白色至浅黄色，下部色深，为金黄至暗褐色，密被褐色短绒毛。抗逆性强，接种后菌丝吃料快，出菇早，产量较高。菇蕾生长期间只需微弱散射光（5～10勒克司），菇体颜色随光照增强而加深。浓色品系金针菇菌盖软滑，菌柄脆嫩，香味浓郁，适于生产鲜菇内销。
三、白色品系F21
白色品系金针菇菌丝生长较慢，抗逆性差，抗杂能力弱。瓶、袋栽培时，菌丝不易长透培养料。出菇期间对二氧化碳耐受力弱。在通气不良的环境中，菇蕾发生虽多，但成菇数量少，且菇柄易扭曲、畸形或腐心。这种现象在后期尤其严重，故生产中常只收前两茬菇，所以产量较低。白色品系金针菇菇体洁白，适合于加工成出口商品。因其味淡，内销有时不及浓色品系金针菇受欢迎。
