鸵鸟孵化期为42天，孵化中前期温度为36.8℃，孵化后期为30-42天，胚胎本身产生大量热，所需温度相对较低，最好为36℃。在孵化期间还需要进行照蛋，照蛋的目的是观察胚胎的发育程度和异常情况，立即去除无鸡精蛋和死胚蛋。还需要进行翻蛋，让蛋黄和蛋壳的内膜不容易粘连。
一、鸵鸟种蛋的选择
1、种蛋收集：绝大多数雌鸵鸟在下午3-6点产蛋，个别于上午或夜间产蛋。鸵鸟产蛋后应及时捡蛋，以减少损坏和污染。雄鸵鸟有保护雌鸵鸟和鸟蛋的本能，捡的时候两个人合作，一个人赶鸟，一个人捡蛋。捡蛋时应将手洗净或戴手套，以免污染种蛋。对污染的种蛋用消毒湿毛巾擦干净。种蛋必须登记，注明雌、雄种鸟号码和产蛋日期，并且称重编号。
2、种蛋选择：合格的种蛋要求清洁，表面不得有泥、粪和其他污垢。其二要求大小适中，蛋重量过大会影响孵化率和雏鸟质量，一般要求鸡蛋重量在1.5千克左右，2千克以上和1千克以下的种蛋一般要淘汰。第三要求种蛋的形状呈卵圆形，纵径16-17厘米，横径13-14厘米，过长、过圆、扁形和畸形蛋孵化率低。种蛋的颜色一般是乳白色或米黄色。洁白色的蛋的孵化率很低。
3、种蛋保存：种蛋贮存时应大头垂直或倾斜放置，时间最好是3-5天，保存期不超过7天，不要翻蛋。如果种蛋储存不超过4天，保存温度应为16-18℃最好。超过4天应为13℃左右。相对湿度为60%。
二、孵化前消毒准备
1、鸵鸟蛋储藏室消毒：每2天用消毒液擦地板1次，每2周清洗、消毒，并且用福尔马林溶液熏蒸。
2、种蛋的消毒：鸵鸟产蛋时，饲养员用消毒纱布接住，然后送孵化室消毒。消毒剂量每平方米37%的福尔马林42毫升，高锰酸钾21克，熏蒸30分钟。如果没有接住，用浸泡在消毒液中的纱布擦去表面的赃物，立即送到孵化室消毒。入孵之前，用消毒药（温度不得超过40℃）浸泡20-30秒，然后用消毒的干纱布擦拭种蛋即可孵化。
3、孵化室的消毒：孵化室地板每两天用消毒药擦拭一次，墙壁、天花板每半个月用消毒药喷洒一次，每月全面清扫一次。
4、孵化机的消毒：每次孵化前，用消毒药擦拭孵化机的内外和表面，并用福尔马林熏蒸消毒。
三、孵化期管理技术
1、孵化温、湿度控制：鸵鸟孵化期为42天，孵化中前期温度为36.8℃，孵化后期为30-42天，胚胎本身产生大量热，所需温度相对较低，最好为36℃。
2、照蛋：照蛋的目的是观察胚胎的发育程度和异常情况，立即去除无鸡精蛋和死胚蛋。第一次照蛋是在孵化时进行的，检查种蛋放入蛋盘时气室是否朝上。第二次照蛋进入孵化的第十二天，此时鸵鸟的喙和喙尖开始形成，腿和翅膀大致分化，尿囊膜扩展到蛋壳膜内表面，胚胎躯干部增大，照蛋时可以看到清晰的血管，头部和躯干部可以看到两个小圆团，称为“双珠”。
3、翻蛋：鸵鸟蛋黄脂肪多，重量轻，浮在蛋中间由系带系着，胚胎吸收养分，排除废物。如果长时间处于一个位置，蛋黄不能维持在蛋的中央，容易与蛋壳的内膜粘连。翻蛋的目的是定位胚胎的外部空间，防止粘连，促进羊膜运动。鸵鸟蛋孵化期间一般每2小时翻一次蛋，40天转入雏器后停止翻转。一般孵化器设计的翻蛋角度为前俯后仰各45度，研究表明翻蛋角度增大到50-55度，会促进胚胎发育和血液循环，提高孵化率。
